Total Commander

[Tol!k]

"отфильтровать .wav.cue .flac.cue" – в смысле не обрабатывать их первым батником даже если они выделены.

Про конвертацию уже есть темы. например,
"Кнопка для ковертации выделенного аудио с xrecode II" forum.wincmd.ru/viewtopic.php?t=14086
"Обработка файлов в зависимости от расширения" http://forum.wincmd.ru/viewtopic.php?t=13951
"Кнопка для пакетной конвертации в MP3" http://forum.wincmd.ru/viewtopic.php?t=11664
– только сделать свою ком.строку