Total Commander

[sa]

a-dasler
Ctrl+B (или Ctrl+Shift+B для выделенных папок), затем выделить все файлы и перенести их (F6) в свои же папки, указав в верхнем поле 1.*, выбрав галку "Сохранять пути относительно текущего каталога" и опцию "Автоматически переименовывать копируемые файлы". Если нумерация со скобками не устроит, то тут же (в виде без подкаталогов) запустить групповое переименование с галкой для "Рег. выраж." примерно такого вида
Найти: 1\((.+)\)
Заменить на: $1