Total Commander

[Dimsok]

Ну не то, чтобы совсем идентичны. В этом случае появляется всплывающее окно, извещающее о том, что файлы одинаковые. А тут окно сравнение появляется, но отображает 0 различий.

Тогда добавь в скрипт обрезку всех "#". А досовский пробел заменять на человеческий.