Total Commander

[Tol!k]

После "Файлы на панель" должны получиться группы дубликатов, разделенные:
" - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - "
выделяй ненужные файлы (оставляй в каждой группе по одному файлу) и удаляй.

PS
Перед поиском можно выбрать "Вид" > "Подробно", чтобы после "Файлы на панель" убедиться, что с каждой группе файлы одного размера;

Галку "по имени" при поиске, ИМХО, нужно снять (поставь "по размеру" и "по содержимому"), т.к. дубликаты могут иметь разные имена;

После "Файлы на панель" нажми Ctrl+Q и ползая по списку вверх-вниз увидишь, что это таки-да, они, дубликаты.

PPS
Уточни, какого типа файлы ты хочеш найти и насколько они похожи (от содержимого / степени отличий могут различаться стратегии поиска)