Total Commander

[Rodny]

Помнится, CaptainFlint упоминал утилиту Hidden Start в этой связи. Я, как и он тогда, с ней тоже не разбирался.
Ещё мне когда-то на глаза попадалась утилитка, делающая из батников исполнимые файлы, что-то вроде bat2exe, точно не помню, их куча в гугле. Там, теоретически, этого окна не должно быть.

В общем, если консолька сильно глаза мозолит, решение скорее всего можно найти. Но тут моего энтузиазизма уже не хватит, тебе всё карты в руки
Найдёшь чего — отпиши потомкам